Nach den Ereignissen im ersten Teil der zehnten Staffel von Akte X sind Mulder und Scully nun offiziell zurück im FBI-Dienst und bearbeiten die X-Akten. Gleich zu Beginn müssen sie sich mit einem alten Bekannten herumschlagen: Der Plattwurmmann, ein humanoides Wesen, das in der Kanalisation lebt, ist wieder aufgetaucht.